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WHO_WHOが招集したSARS-CoV-2の起源に関する世界的研究:中国パート WHOと中国の共同研究

翻訳日:2021/04/03(以下はSUMMARYのみの翻訳です)

原文:WHO-convened Global Study of Origins of SARS-CoV-2: China Part

WHOが招集したSARS-CoV-2の起源に関する世界的研究:中国パート
WHOと中国の共同研究チームの報告
2021年1月14日〜2月10日

概要
2020年5月、世界保健総会の決議WHA73.1は、ウイルスの人獣共通感染症の発生源と中間宿主の考えうる役目を含む、人類への伝播の経路を特定するためのワンヘルスアプローチの一環として、世界保健機関(WHO)の局長に国際獣疫事務局(OIE)、国連食糧農業機関(FAO)及び各国と引き続き緊密に協力するよう要求しました。
目的は動物と人間のウイルスによる再感染を防ぐことと新しい人獣共通感染症の保菌宿主の確立の両方であり、それによって人獣共通感染症の出現と伝播のさらなるリスクを減らします。

2020年7月、WHOと中国は、ウイルスの起源をよりよく理解するための基礎的な研究を始めました。段階的アプローチ、研究の範囲、主な指針と期待される成果物を定義する考慮事項(TOR)が合意されました。TORは、ウイルスがどのように伝播され、中国の武漢で循環し始めたのかをより理解するための短期間の初期のフェーズ1を検討中です。

WHOは、これらの研究の設計、支援、実施における中国の専門家の学際的なチームと緊密に連携する専門家の国際的な学際的なチームを選抜して、進捗状況を確認するために継続的に訪問して、一連のさらなる調査に同意しています。

共同国際チームは、17人の中国人と17人の中国以外の国、世界保健機関(WHO)、地球規模感染症に対する警戒と対応ネットワーク(GOARN)および国際獣疫事務局(OIE)(付録B)の国際的な専門家で構成されました。国際連合食糧農業機関(FAO)がオブザーバーとして参加しました。最初のオンラインに続いて、中華人民共和国 武漢市で、2021年1月14日から2月10日までの28日間にわたって共同研究が実施されました。

チームは作業計画に同意し、疫学;動物と環境;及び分子疫学と生物情報学の分野のフェーズ1で行われた進捗状況を確認するためのワーキンググループを設立しました。議論の過程で、国際的な専門家は使用された方法のより深い理解を得て、入手したデータを用いました。訪問中の要望に応じて、さらにデータや分析が発生して、すべての分野における複雑な研究​​の設計や解釈を洗練するための生産的な反復アプローチが反映されました。

グループワークに加えて、チームは、業務の情報に役立ったり、重要な場所への一連の訪問で主要な情報提供者に取材を行うために関連する話題に関する科学的およびテーマ別の内容を共有しました。

疫学的なワーキンググループは、2019年後半の武漢の周辺の呼吸器疾患による罹患率のサーベイランスの研究から、COVID-19の初期の症例を特定する可能性を綿密に調査しました。また、国際的な監視サーベイランスデータ、検査で確定した疾患、解熱剤、風邪薬、咳止め薬の小売薬局購入の報告を利用しました。
2019年の後半からの4500以上の研究プロジェクトサンプルで保存されたサンプルの簡便な小集団が、武漢、武漢以外の湖北省および湖北省以外の省のさまざまな病院に保管されています。
これらの研究のうち、COVID-19のアウトブレイクの数ヶ月前にCOVID-19の原因となる物質が罹患率に及ぼす影響のエビデンスはありませんでした。

さらに、武漢市と湖北省の他の地域の全死因死亡率と肺炎特有の死亡率に関するサーベイランスデータが精査されました。2020年の第3週のすべての原因による死亡率と肺炎特有の死亡率の急速な増加は、ウイルス感染が2020年の最初の週までに武漢の人口の間で広まったことを記載していました。武漢郊外の湖北省の住民の間で1〜2週間後に発生した死亡率の急激な増加は、武漢での流行が湖北省の他の地域での蔓延に先行することを示唆しました。

中国の全国通知疾病報告システム(NNDRS)に報告されたサーベイランスデータと症例の両方が臨床的に精査されました。NNDRSには2019年12月に症状が現れた174名のCOVID-19症例が報告されました。武漢の233の医療機関による大規模な研究で、2019年後半のアウトブレイク前の10月と11月の2ヶ月間の呼吸器疾患の約76,253の症例の記録は、臨床的に精査されました。92症例が精査後にSARS-CoV-2感染と互換性があると考えられ、その後の検査と外部の学際的な臨床的な精査では、SARS-CoV-2によるものは実際にはないと判断されました。これと他のサーベイランスデータの分析に基づいて、この2か月の間に武漢でSARS-CoV-2感染の実質的な伝播は発生していなかったと考えられました。

初期の症例の多くは華南市場に関連していましたが、同様の数の症例が他の市場に関連付けられており、一部はどの市場にも関連付けられていませんでした。12月のより広い地域内の伝播は華南市場に関連しない症例とされ、華南市場に関連していない初期の症例も存在することから、華南市場はアウトブレイクの起源ではなかったことが示唆されるかもしれません。華南市場がアウトブレイクの起源の役割を果たしたこと、またはどのように感染が市場に持ち込まれたかの確実な結論はなく、現在も調査中です。

分子疫学および生物情報学ワーキンググループは、動物から収集したウイルスの遺伝子データを調査しました。これまでの調査と対象を絞った研究からのエビデンスは、SARS-CoV-2に最も関連性の高いコロナウイルスは、コウモリやセンザンコウに見られ、これらの哺乳類は、COVID-19を引き起こすウイルスの保菌宿主である可能性があります。ただし、これらの哺乳類種からこれまでに同定されたどのウイルスもSARS-CoV-2の直接の祖先とするには十分に類似していません。これらの発見に加えて、ミンクと猫のSARS-CoV-2に対する高い感受性は、追加の動物種が潜在的な保菌宿主として機能する可能性があることを示唆しています。

アウトブレイクの初期段階からのウイルスゲノムと疫学データを分析するために、チームは、利用可能なすべてのコロナウイルス配列とそのメタデータを持つ中国国立生物情報センター統合データベースを通じて収集されたデータを精査しました。2019年12月と2020年1月に収集されたサンプルからのすべてのシーケンスデータは、アウトブレイクの最初の段階のウイルスの多様性を確認するために、より詳細な分析が行われました。武漢で検出された症例については、2019年12月31日より前に発症した病気の症例からのサンプルは、疫学的背景データと関連していました。華南市場にさらされた患者からのいくつかのサンプルは同一のウイルスゲノムを持っており、それらはクラスターの一部であった可能性があります。ただし、シーケンスデータは、武漢でのアウトブレイクの初期段階にウイルスのいくつかの多様性が既に存在していたことを示し、華南市場クラスター以外で収集されなかった伝播の連鎖を示しています。生肉または毛皮で覆われた動物への曝露の疫学的パラメーターによる明らかなクラスターはありませんでした。

さらに、最終的なデータでのSARS-CoV-2シーケンスの最新の共通の祖先までの時期が推定され、以前の研究の結果と比較されました。そのような分析で推定することはできますが、起源の時期の決定的な証拠を提供できません。分子シーケンスデータに基づき、結果は、アウトブレイクが2019年12月中旬の数ヶ月前のある時期に始まった可能性があることを示唆しました。9月下旬から12月上旬までの最新の祖先までの時期の推定ポイントは、ほとんどは11月中旬から12月上旬の間と推定されました。

最後に、チームはさまざまな国から発表された研究からのデータを精査し、SARS-CoV-2の早期の循環を示唆しました。調査結果は、SARS-CoV-2の循環は、最初の症例の検出より数週間先行することを示唆します。疑わしい陽性サンプルのいくつかは、武漢での最初の症例よりもさらに早く検出され、他の国での循環を見落とした可能性を示唆しています。これまでのところ、しかしながら、研究の質は限られています。それにもかかわらず、これらの初期の症例の可能性を調査することが重要です。

動物と環境のワーキンググループは、馬蹄形コウモリ(Rhinolophus spp)とセンザンコウを含むさまざまな動物で同定されたSARS-CoV-2に系統発生的に関連しているコロナウイルスに関する既存の知識を精査しました。ただし、コウモリや中国全土の野生生物のサンプリングと検査を通じてSARS-CoV-2の存在は検出されていません。80 000以上の野生生物、家畜、家禽のサンプルは中国の31の州から収集されましたが、中国でのSARS-CoV-2の発生前後のSARS-CoV-2抗体または核酸から陽性の結果は確認されませんでした。華南市場での動物製品の広範な検査では、動物感染の証拠は見つかりませんでした。

華南市場の閉鎖時点からの環境サンプリングは、華南市場の923の環境サンプルのうち、​​73サンプルが陽性でした。これは感染した人々、感染した動物または汚染された製品を介したウイルスの伝播と比較して、SARS-CoV-2による表面の汚染が広範囲に及ぶことを明らかにしました。

華南市場へのサプライチェーンには、20の国の低温流通製品と動物製品が含まれており、それらには2019年末以前にSARS-CoV-2に陽性であると報告されているサンプルおよびSARS-CoV-2とよく似たものが見つかりました。市場で販売されたいくつかの家畜化された野生生物はSARS-CoVに感受性があるというエビデンスがありますが、市場でサンプリングされた動物製品のいずれも、この研究で陽性と判定されませんでした。パンデミックの初期段階で、ウイルスの導入と伝播における低温流通の潜在的な役割についての認識が不足しているため、低温流通製品は検査されていません。これらの知見は、しかし、導入のさまざまな潜在的な経路の可能性を提起します。2020年に取られた武漢の他の市場と華南市場への上流の納品業者の予備的なサンプリングと検査は、動物で循環しているSARS-CoV-2のエビデンスを明らかにしませんでした。

SARS-CoV-2は、冷凍食品、包装、低温流通製品の状態で持続することがわかっています。中国で最近アウトブレイクした発端の症例は、低温流通に関連しています。ウイルスは他の国からの梱包や製品で見つかり、中国に低温流通製品で中国に運ばれ、それは低温流通製品で長距離を運ぶことができることを示しています。

さらなる分析は、空間的および時間的相関を調べ、サンプリングの根本的なバイアスを修正して、さらに冷凍製品を納品業者から華南市場までさかのぼって追跡することもできます。

チームは、SARS-CoV-2の起源と最も近いものを追跡するのに役立つ次の段階の研究を提案しました。それは、他の市場の動物や製品の取引や取引の歴史の分析を含み、特に初期のヒトの症例またはシーケンスデータに疫学的に関連する市場で、SARS-CoV-2に関連するウイルスにとって東南アジアおよびさらに遠くの農場での感受性動物の調査に関連する調査、コロナウイルス感受性動物が存在する畜産農場、そこで継続して、SARS-CoV-2および関連ウイルスの毛皮農場の対象を絞った調査です。農家、納品業者、およびその関係先をフォローアップすることができ、動物や低温流通製品への曝露の職業的リスクを持っている労働者の集団は、SARS-Cov-2の出現のリスクを示唆する可能性のある異常に高い抗体価について血清学的にテストすることができます。

次の段階の研究には、SARS-CoV-2関連のウイルス配列と抗体について野生生物サンプルを検査することが含まれます。Rhinolophusコウモリが分布する中国南部の州および東アジア、東南アジア、およびその他の地域の周辺国におけるRhinolophusコウモリの継続的な調査;信頼できるリンクがある場合は、低温流通製品納品業者の国で、SARS-CoV-2陽性検査結果が2019年末前に予備的に報告されたり、アジア以外でコウモリにより遠縁のSARSr-CoVのエビデンスが報告されている国を追跡します。
2019年末までに下水、血清、ヒトまたは動物の組織/スワブおよびその他のSARS-CoV-2検査で陽性の結果が最初に報告された国および地域で、さらに関連する追跡調査研究を行います。疫学的な起源に関する将来の共同追跡研究を支援する世界的な専門家グループを招集します。

共同国際チームは、各分野について一連の提言を行いました(レポートの詳細を参照)。そうすることで、ウイルスの導入のための異なるさまざまな可能な経路の可能性を評価しました。

共同国際チームは、導入のために4つのシナリオを検討しました。
•人獣共通感染症が人間に直接伝播(流行)
•中間宿主を介した導入とそれに続く流行
•(低温の)食物流通による導入
•実験室での事故による導入

これらの可能性のある出現経路のそれぞれについて、合同チームは、利用可能な科学的証拠と発見を考慮した定性的リスク評価を実施しました。また、それぞれの可能性に対して、議論しました。チームはこれらの経路の相対的な可能性を評価し、世界的に知識と理解を高める可能性のあるさらなる研究の優先順位を付けました。 

考えられる各経路の可能性に関する合同チームの評価は次のとおりです。
•人獣共通感染症の直接的な流行は、可能性のある経路であると考えられています。
•中間宿主を介した導入は、非常に可能性の高い経路であると考えられています。
•冷凍/食品流通製品を介した導入は、可能な経路と考えられています。
•実験室での事故による導入は、全くありそうもない経路であると考えられました。

*翻訳文は当チームが翻訳を行った時点の論文等発表内容にもとづくもので暫定的な情報です。各記事に原文へのリンクを掲載しています。


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